Kolegia AMG jsou dobrovolnými sdruženími řádných členů. V rámci AMG existují dva druhy kolégií, a to regionální a oborová. Regionální kolegia jsou dobrovolnými sdruženími řádných členů AMG na území určitého regionu; oborová kolegia jsou dobrovolnými sdruženími řádných členů AMG na základě společné specializace nebo shodných organizačních podmínek. Jednotliví řádní členové jsou v kolegiích zastoupeni svými statutárními orgány nebo zplnomocněnými zástupci. Kolegium AMG vzniká a zaniká na základě dohody řádných členů. V čele kolegia stojí předseda, kterého volí členové kolegia na dobu tří let.
Kolegium jihočeských muzeí
Kolegium se dlouhodobě neschází.
Kolegium jihomoravských muzeí
Kolegium se dlouhodobě neschází.
Kolegium muzeí jihovýchodních Čech
Kolegium se dlouhodobě neschází.
Kolegium muzeí kraje Aloise Jiráska, Boženy Němcové a bratří Čapků
Předseda kolegia: Mgr. et Mgr. Rudolf Havelka, Ph.D. (Městské muzeum v Jaroměři)
Kolegium muzeí královských měst
Předsedkyně kolegia: RNDr. Mgr. Miroslava Šandová (Západočeské muzeum v Plzni – Muzeum Dr. Horáka v Rokycanech)
Kolegium muzeí Prácheňska
Předsedkyně kolegia: PhDr. Jitka Velková (Městské muzeum a galerie Vodňany)
Kolegium pobeskydských muzeí
Kolegium se dlouhodobě neschází.
Kolegium šumavských muzeí
Kolegium se dlouhodobě neschází.
Kolegium galerií
Kolegium momentálně nemá předsedu.
Kolegium okresních muzeí
Kolegium se dlouhodobě neschází.
Kolegium krajských muzeí
Kolegium se dlouhodobě neschází.
Kolegium muzeí nezřizovaných státem, ÚSC, městy a obcemi
Kolegium momentálně nemá předsedu.