Kolegia AMG jsou dobrovolnými sdruženími řádných členů. V rámci AMG existují dva druhy kolégií, a to regionální a oborová. Regionální kolegia jsou dobrovolnými sdruženími řádných členů AMG na území určitého regionu; oborová kolegia jsou dobrovolnými sdruženími řádných členů AMG na základě společné specializace nebo shodných organizačních podmínek. Jednotliví řádní členové jsou v kolegiích zastoupeni svými statutárními orgány nebo zplnomocněnými zástupci. Kolegium AMG vzniká a zaniká na základě dohody řádných členů. V čele kolegia stojí předseda, kterého volí členové kolegia na dobu tří let.
Kolegium jihočeských muzeí AMG
Kolegium se dlouhodobě neschází.
Kolegium jihomoravských muzeí AMG
Kolegium se dlouhodobě neschází.
Kolegium muzeí jihovýchodních Čech AMG
Kolegium se dlouhodobě neschází.
Kolegium muzeí kraje Aloise Jiráska, Boženy Němcové a bratří Čapků AMG
Předseda kolegia: Mgr. et Mgr. Rudolf Havelka, Ph.D. (Městské muzeum v Jaroměři)
Kolegium muzeí královských měst AMG
Předsedkyně kolegia: RNDr. Mgr. Miroslava Šandová (Západočeské muzeum v Plzni – Muzeum Dr. Horáka v Rokycanech)
Kolegium muzeí Prácheňska AMG
Předsedkyně kolegia: PhDr. Jitka Velková (Městské muzeum a galerie Vodňany)
Kolegium pobeskydských muzeí AMG
Kolegium se dlouhodobě neschází.
Kolegium šumavských muzeí AMG
Kolegium se dlouhodobě neschází.
Kolegium galerií AMG
Kolegium momentálně nemá předsedu.
Kolegium okresních muzeí AMG
Kolegium se dlouhodobě neschází.
Kolegium krajských muzeí AMG
Kolegium se dlouhodobě neschází.
Kolegium muzeí nezřizovaných státem, ÚSC, městy a obcemi AMG
Kolegium momentálně nemá předsedu.